CAR-T細胞の輸注に先立って、数日前よりリンパ球除去化学療法を行います。ほとんどの場合、フルダラビン（フルダラ^®）・シクロホスファミド（エンドキサン^®）併用療法をリンパ球除去化学療法として用います（キムリア^®の場合はシクロホスファミドが使用困難な場合、ベンダムスチンを使う場合があります）。リンパ球除去化学療法を行うことによって、CAR-T細胞がより多く増え、治療の効果が高まることがわかっています。一方で、血球減少の原因となります。

CAR-T細胞は、凍結した状態で医療機関に届きますが、輸注の直前に医療機関で解凍して準備をします。CAR-T細胞は、数分～30分ほどかけて点滴または注射により投与します。