CAR-T細胞投与後、約1-2週間で血球減少（赤血球、血小板、白血球が減る）が起こります。これはCAR-T細胞療法前のリンパ球除去化学療法（抗がん剤）による骨髄抑制であり、およそ1週間で改善します。ただ、回復した白血球や血小板数がその後に再度低下することがあり、「二相目の血球減少」として報告されています。機序は今のところ完全には分かっていませんが、骨髄の中での炎症反応や、もともと体内にあるT細胞と呼ばれるリンパ球の活性化が想定されています。

二相目の血球減少は、G-CSF製剤や血小板輸血を行いながら、自然回復を待ちます。通常は1-2週間で回復することが多く、それほど重症でなければ、一旦退院しての外来通院での治療も可能です。